Přestože elektronická evidence tržeb probíhá ze strany Finanční správy ČR bez závažnějších problémů, může se stát, že nastane výpadek celého systému EET. Každý podnikatel by měl vědět, jak postupovat, pokud nastane chyba ze strany Finanční správy ČR a údaje o tržbách nebude možné odesílat.
Obecně lze říci, že se postupuje jako v případě výpadku internetu.
Pokud se podnikateli při odesílání zprávy o transakci na Finanční správu ČR nepodaří navázat spojení, neobdrží zpětnou zprávu s potřebným unikátním kódem. Podnikatel musí stejně vystavit zákazníkovi účtenku bez unikátního kódu. Účtenka ale musí obsahovat podpisový kód poplatníka.
Při obnovení systému EET dochází automaticky k doručení údajů o evidované tržbě na Finanční správu ČR. Zpětně je podnikateli odeslán unikátní kód, který již slouží pouze pro informaci podnikatele o zaevidování tržby v systému správce daně. Podnikatel již nemusí zákazníkovi vystavovat novou účtenku.